Проще ответить на вопрос, а что же она не умела? Я не зря в первом абзаце упоминал, что каждая компания или команда по-разному использовала Jira для решения своих бизнес-задач. Да, виды деятельности у команд могут быть абсолютно разные, но объединяет их одно - все они строятся вокруг контроля одной сущности - задачи (т.е. некоей единицы работы), у которой есть цель, ответственный за ее выполнение и дедлайн. Отличия возникают лишь из-за специфики самой сферы, в которой работают люди. У продавцов это - одно, у HR - другое, у разработчиков - третье, у бухгалтеров - четвертое и т. д.
Jira благодаря гибкости, а именно возможности подстроиться под любые нужды бизнеса без привлечения разработчиков, покорила рынок. Плюс за счет опции постепенного наращивания функционала инсталляция могла расти вместе с компанией: как говорится, от условного "гаража" до условной "корпорации" вне зависимости от рода деятельности компании.
Гибкость, которую я упоминаю, достигалась за счёт уникальной для рынка бизнес-модели Attlasian, а именно модели Marketplace. Сторонние разработчики могли использовать продукты Attlasian в качестве платформы, разрабатывая те дополнительные функции, которые, по их мнению, нужны рынку. Далее они выкладывали свои разработки в Marketplace и, естественно, продавали их за отдельные деньги.